Java - como debugar con Eclipse una aplicación dinámica

Hola, tengo un programa en Java 3D que es dinámico (osea que interacciona con el usuario, através del ratón y teclado) y hace poco que utilizo el eclipse y quería saber si hay manera de debugar y a la vez interaccionar con la aplicación. Ya que ahora con los breackpoints unicamente me deja llegar hasta que se carga todo, una vez que interacciono salta. Muchas gracias y perdonad las molestias, igual es una pregunta absurda, pero acabo de descubrir el eclipse y no se muy bien como funciona.