Java - runtime en applet???

hola, tengo una duda, tengo una aplicación en java que estoy intentando convertir en un applet, porque he de usarla en otra aplicación web, pero no me funciona, y después de leer un poco por internet, he leído que no es posible invocar ningún programa ejecutable. Si esto es cierto, en mi aplicación yo hago un Runtime para invocar a un programita en perl, con lo cual, creo que ya sé por qué no me funciona ¿Alguien sabe alguna otra manera para poder incluir mi aplicación java normal en una aplicación web sin usar applets?

Lo que es posible es convertir tu aplicación en un applet, solo piensa en que la inicialización de tu aplicación debe ir en el método init del applet, y la parte principal, la que controla la ejecución de tu aplicación debe ir en el método run del applet.