Si lo que quieres es acceder y ejecutar las funciones de una librería compartida de Windows (con extensión .dll) desarrollada en C desde un programa Java, es posible hacerlo utilizando la Interfaz de Java Nativo (JNI) que proporciona la unión entre tu aplicación Java y el código nativo. Si haces esto trabajas con lo que se llama Java sucio, ya que tu aplicación ya no será portable, sólo podrá funcionar en máquinas con Windows.
Un saludo,
M.Cillero