Java - Base de Datos vs Hibernate

Hola, tengo un problema en una aplicacion del trabajo, tengo que eliminar datos de una base de datos (sql) desde una Session de hibernate, pero no tengo mucha libertad, pues es frecuente que la base tenga datos incorrectos que me impiden trabajar (metodos como .refresh o .flush no funcionan, me mandan una escepcion segun los datos a consultar), por lo que necesitaria de algun sistema que me permitiese limpiar por completo una linia a escoger de una tabla.

Gracias por adelantado.