Java - problema con un vector

tengo un problema con un procedimiento. lo que hace es que recibe un fichero de texto y muestra los numeros del fichero con el tokenizer. despues esos numeros los pasa a enteros (porque al sacarlos estaban como string). el problema es que despues de pasarlos a enteros parece que el valor del vector se pierde. os voy a copiar el codigo y os digo a partir de donde falla. gracias de antemano.

private void jButton3MouseClicked(java.awt.event.MouseEvent evt) {
jTextArea2.setText("Archivo sin ordenar: ");
String s = null;
BufferedReader entrada = null;
try {
entrada = new BufferedReader(new FileReader("datos.txt"));
String linea = null;
while ((linea = entrada.readLine()) != null) {
s = linea;
}
} catch (FileNotFoundException e) {
e.printStackTrace();
} catch (IOException ex) {
ex.printStackTrace();
} finally {
try {
if (entrada != null) {
entrada.close();
}
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
}

//Recorremos el fichero separando en argumentos cada vez que encontremos el caracter elegido: ",".
StringTokenizer tokens = new StringTokenizer(s,",");
while(tokens.hasMoreTokens()){
jTextArea2.append(" " + tokens.nextToken());
}

int i = 0;
int vector[];
while(tokens.hasMoreTokens()){
a[i++] = Integer.parseInt(tokens.nextToken());

}

//----->>>A PARTIR DE AQUI FALLA<<<-----------

//Ordenamos, mediante el método de la burbuja los argumentos recojidos antes.
jTextArea3.setText("Archivo ordenado: ");

//Metodo de la burbuja:
for (int n=1; n<a.length;n++){
System.out.println("hola");
for(int j=0;j<a.length-1;j++){
System.out.println("hola 1");
if (a[j] > a[j+1]){
System.out.println("hola2");
int temp = a[j];
a[j]= a[j+1];
a[j+1]= temp;
}
}
}

StringTokenizer tokens1 = new StringTokenizer(s,",");
while(tokens.hasMoreTokens()){
jTextArea3.append(" " + tokens.nextToken());
}
int n = 0;
while(tokens.hasMoreTokens()){
a[i++] = Integer.parseInt(tokens.nextToken());
}