JavaScript - Que es mejor poner el link de los archivos complementarios o descargarlos??

Me gustaria saber cual opcion es mas eficaz para el manejo de archivos complementarios.

Buenos días, keiner.
Con "eficaz" no sé a qué te refieres, pero mi opinión es que depende con lo estables que son esos archivos complementarios o tu propio proyecto.
Para proyectos que ya están prácticamente terminados y donde se realizarán pocos cambios estructurales, quizá lo conveniente sea la descarga de ficheros para utilizarlos a nivel local. Las razones prácticas para enlazar contínuamente a librerías externas giran sobre todo en que esas librerías estén cambiando tan rápidamente que no quieras perderte algunas de las posibles mejoras o actualizaciones del software (aunque eso puede convertir tu desarrollo en un infierno).
Por otro lado, hay que tener en cuenta que una vez descargas las librerías externas una sola vez, quedan en la caché del navegador. Y que, a no ser que el fichero original cambie, normalmente no se produce de nuevo la descarga. Con lo cual, la posible pérdida de rendimiento por ese tipo de cosas es prácticamente despreciable.
Saludos.