JavaScript - Ayuda con archivo

Hola, recien estoy empezando en JS y tengo un problema que no le encuentro solucion. Hice un popup con js para la pagina index.html. Lo puse enn un archivo master y se lo cargue a la pagina por src. Todo bien hasta ahi. Para otra pagina quise hacer algo parecido tambien dentro del master pero no anda. Ahora si lo pruebo en otro archivo js si que funciona, por lo que el codigo esta bien. Tambien si cambio de lugar ese codigo con el anterior funciona y me deja de funcionar el popup de la primera.
Probe todas las configuraciones pero nada, no puedo hacer que me ejecute los dos programas desde el master.

Hola samuel,

esto es un poco confuso. ¿Podés compartir el código, por favor?


Saludos

Me suena a que tienes problemas con las rutas, es difícil entender tu explicación