JavaScript - Duda sobre objetos de javascript

Hola gente! ando un poco liado con esto de los objetos de javascript. Yo pensaba que a los metodos y atributos de los objetos predefinidos de js, se les llamaba de la siguiente manera. Por ejemplo.
Window.document.write(\"Hola\").
Es decir vamos del objeto mayor al menor en jerarquia hasta llegar al metodo. Pues bien, resulta que yo tenia hecha la idea de que por ejemplo Alert(\"hola\"), o SetTimeout eran funciones. Y resulta que leyendo en un libro me dice que son metodos del objeto window!!!!!. Entonces....no habria que poner:

window.Alert(\"hola\")
window.SetTimeout(\"funcion\",30);

No se usa siempre la misma sintaxis? es decir: \"objeto.metodo\"
o \"objeto.atributo\".

Gracias de antemano.

El Objeto windows es el más alto en la jerarquía de objetos (esta jerarquía se conoce como DOM -Document Object Model-) y se refiere al contenedor (ventana) de la propia página HTML. Del objeto window cuelgan los objetos location, document y history. A su vez de document cuelgan objetos como location, anchor,.... (Consulta algún manual donde venga la DOM).

En javascript se asume que cuando no se indica window por defecto se está uno refiriendo a la ventana html, es decir, el lenguaje permite esta forma de abreviatura y no tener que estar repitiendo continuamente la palabra window, de forma que puedes llamar directamente a funciones del objeto window como:
alert('hola') ,setTimeout('funcion',30) ...

o a objetos hijos de window, por ejemplo:

document.miformulario.miboton.value (propiedad)

history.goback() (método)

Espero que esto te haya aclarado algo.
Un saludo.

Muchisimas gracias! ahora tengo las cosas claras. Un saludo.