En Unix y en Linux, los archivos de arranque estan en el directorio /etc/rc.d, ahi vas a encontrar varios subdirectorios como /etc/rc.d/rc1.d, /etc/rc.d/rc2.d, etc...
Dentro de cada directorio encontraras una serie de scripts que son generados por el sistema para lanzar los diferentes servicios al arranque, en los diferentes estados de ejecucion (runlevels) que arranque el sistema.
Si quieres colocar algo para que arranque cada vez que se inicie el sistema, añade una linea al archivo /etc/rc.d/rc.local con lo que quieres que se ejecute, por ejemplo
echo "Hola"
Si quieres que imprima "Hola" en la pantalla...