Pues amigo Dan,
la verdad es que el tema es un tanto confuso, pero si el tal AMAYA OS es que el que referencie anteriormente y esta basado en Debian ya que parece que utiliza sus propias librerias, podrias mirar de instalar el headers - para realizar compilaciones posteriores -, de la siguiente forma:
**** suponiendo que incorpora el command " uname " y reconoce "aptitude"
# aptitude install linux-headers-$(uname -r)
*** de lo contrario deberas averiguar la version y sustituir "$(uname -r)" , quedando algo asi :
# aptitude install linux-headers-2.6-686
The Amaya binary distribution is available for PC Linux, Windows and Mac OS X. Users having other architectures are expected to compile the Amaya
http://www.w3.org/Amaya/User/SourceDist.html.
http://www.w3.org/Amaya/User/BinDist.html
http://www.w3.org/Amaya/Distribution/amaya_11.4.4-1_i386.deb