Linux - Cambiar Windows por Linux

Hola migos.
Tengo una gran duda, en mi trabajo, es una Municipalidad, han presentado un proyecto para cambiar todo el sistema operativo de Windows a Linux y desarrollar todas las aplicaciones transaccionales como (Contabilidad, Personal, Comercialización, Logística, Rentas, etc); es decir, todo a Linux y van a utilizar como lenguaje de programación el JAVA, quiero por favor, que me orienten sobre el tema.
Quiero saber si el JAVA va a poder soportar esos sistemas como lo haría un Visual Fox o Basic por ejemplo.
Les pido por favor que me orienten sobre el tema y cuales serian la ventajas y desventajas antes de tomar una desición.
Gracias. por favor enviar respuesta a correo.

Tu pregunta es muy general, pero linux soporta java sin problemas, ahora las ventajas pueden ser: gratis, estable, bastante informacion,etc...
desventaja: dificil..
existen mucho software que te puede servir, pero para cambiar de forma radical windows a linux debes informarte bastante bien y la fuente de esto es internet (www.lucas.hispalinux.es, www.linuxdoc.org, etc, etc.)