No das info de modelo exacto de equipo, modelo exacto de media drive... aunque tu solo hablas del bay y no de que le conectes nada, pero supongo que tendrás un disco duro que conectas, que no deja de ser un disco duro USB. Normalmente debería reconocerlo, pero puedes probar a sacar la tapa a la CPU, desconectar la bay de su conector USB a placa, encender el equipo normalmente y dejar que cargue Ubuntu y volver a apagar, vuelves a conectar y esperar que la reconozca... parece una tontería, pero no veas lo de veces que funciona este truco con Linux y hardware que no reconocer a primeras y parece que no hay forma de que lo haga (por ejemplo lectores de tarjetas en sobremesas). Otra opción, comprueba que reconoce el disco duro, para eso con un cable USB, lo conectas a un puerto cualquiera y miras que lo reconozca (aunque aquí puede que tengas problemas con la alimentación, porque estos fuera de la bahía, normalmente requieres una fuente externa... pero no todos, algunos modelos con un cable USB doble para darle más potencia, pues llega, en otros cualquier fuente genérica con múltiples conectores para portátiles, pues seguro que tendrá el conector adecuado y te servirá).
Después no estaría de más que le echaras un ojo al manual de la propia HD sobre la Media Bay:
http://h10032.www1.hp.com/ctg/Manual/c00447792.pdf
hasta luego
