Hola,
Antes de todo te pregunto es cual es tu intención con tu servidor web, mas que todo pq es distinto tener un servidor para hospedar 1 página web que para 500 que para 10.000. En casa tengo hospedado en NetBSD (otro tipo de Unix) una página con todo el tinglado este que te comenté en un pentium II 300 con 64 ram y 6 de discoduro y te digo que me sobra recursos, es decir, todo se hace instataneamente y no tengo problema de espera. Te digo eso pq probablemente estás acostumbra a la filosofia windows que nos dice que hay que tener la máquina más rápida, y la filosofia Unix es hay que tenre un soft más rápido. Si estudias algun día programación, verás en estruturas de datos que más vale un soft rápido en una máquina lenta que una máquina rápida con un software lento. Te digo todo esto pq a lo mejor estás gastando mucho dinero sin necesidad.
Lo que me refiero a la línea de comando es aprender el shell (si has arrancado tu linux, teclea ctrl+alt+F1 y caerás en una linea de comandos). Esto es la esencia de la cosa, pues linux no te valdrá para nada sólo con entornos de ventana. Te aconsejo un libro que se llama "Unix Sistema V versión 4" de McGrawHill. Es bastante tocho pero muy, muy completo y bien explicado.
Si quieres comprar una distribución que los manuales expliquen bien como instalar y eso te aconsejo la Suse, pues los manuales de ellos siempre explican la forma sencilla y la forma independiente de distribución.
Haces bien en preocuparte con el antivirus pocas personas se preocupan por eso.
Cuidado para no cambiar todo el sistema de tu empresa de golpe a Linux, pues a principio tendrás dificultada (lo que es normal con todos) y te pueden metar la coña por eso..... Cambialo poco a poco....
Antes que se me olvide, es muy normal con los que están empezando linux hacer todo como administrador, utiliza el administrador (root) para hacer las tareas del suistema, pero utiliza los programas como usuario, aunque seas el administrador, esto es una gran norma básisca de la seguridad.
Si todavía tienes alguna duda escribeme un e-mail
Salu2 y suerto con lo tuyo....
.edu