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Desde una shell, creo que funciona el comando clear.
Desde C siempre podrias llamar a un system ("clear");
Otra opción, si los tienes habilitados, son los códigos ANSI. Echa un ojo a mi página web. Creo que sería algo así como printf ("%c[2J", 27); (escribir en pantalla un caracter escape (27 ascii) y un [2J detrás).