Linux - Arreglar el boot de Linux

Estoy pasando de Windows a Linux, y me interesaria saber si existe algun comando como el SYS.COM del DOS, para arreglar el arranque de Linux.
Ya probe con mkbootdisk del directorio /sbin/. Me crea un disco de inicio, pero necesita iniciar por el disco duro.
La razon es la siguiente: Cuando hago SYS C: desde un disco de inicio, inicia correctamente Windows al reiniciar, pero no me aparece mas el LILO., aunque las particiones de Linux siguen estando. ¿hay una forma de solucionar este problema?

Desde ya muchas Gracias.

Walter:
Lo que ocurre es que al transferir el sistema a la unidad C estás sobreescribiendo el MBR, cargándole el código de arranque de MS y reemplazando la imagen que previamente tenía (LILO ó GRUB). Para configurar el arranque con el LILO como gestor de inicio tienes que levantar el Linux y ejecutar 'lilo', de ésta manera (si todo sale bien), la próxima vez que inicies el LILO te preguntará qué SO quieres utilizar. Otra opción es cargar el LILO no en el MBR sino en la partición que tiene el Linux (/dev/hda1 es la partición principal y /dev/hda3 la extendida (unidad lógica)).
Si necesitas más ayuda o aclaraciones, por favor, escribe a mi e-mail, ya que no siempre puedo acceder a LWP. Gracias.

Saludos,
Eduardo.

Hola, el lilo generalmente se instala en el MBR y el sys parece que lo esta borrando. Eso siempre lo preguntan cuando instalan windows de nuevo. Este borra el MBR. Para instalar el lilo de nuevo escribe

lilo -v -v