Linux - Duda con SUDO

Tengo una duda, a mi apache le estoy dando permisos para utilizar ciertos permisos con el sudo para ejecutar una aplicación específica , `la pergunta es: Yo llamo estos comandos por medio de scripts de php, pero me queda la duda es que si el apache podrá tener acceso sin utilizar estos scripts ?(No se si me hago entender), la cuestion es que estos permisos solo los necesito para esta aplicación, los otros sitios no deben de ejecutar estas ordenes, ¿el usuario apache podrá ingresar a ciertos directorios, o ejecutar ciertas ordenes sin necesidad de llamar el sudo, o por el contrario se tiene que invocar el sudo?
Disculpas por si esta enredada y larga la pregunta, pero ya mire la doc. y el sitio del sudo y encontré mucha información, pero nada que responda mi pregunta.

De antemano gracias