por defecto las apps de linux son de linux, las de win son de win ...
las apps hechas en java tendrian q rular en todas... y las q se basan en gtk deberian compilar en win igualmente (como gimp)
por otra parte tienes WINE con el cual se pueden usar varias apps de win .. a veces mejor a veces peor...
yo por mi parte corro M$. Office y Exploter en mi Linux... tb he visto usar a un amigo photoshop (y el counter strike) en linux ... jejeje...
de todas formas para usar programas de win... usa win... y para usar aplicaciones de verdad usa linux XD...
un saludo
jesus