Hola, no se si esto te valdrá de mucho. Por que no das muchas explicaciones de tu error.
Prueba a utilizar el fdisk, es igual de simple aunque no lo parezca.
La sintaxis es:
para el primer disco duro: fdisk /dev/hda
el segundo : fdisk /dev/hdb
Si no te va, lo de siempre, o buscas información en la web. O lo que es lo normal, haces las particiones, y después instalas los sistemas operativos correspondientes a cada una.
Ten en cuenta que jugando con las particiones en "caliente" te la juegas con los datos que tengas almacenados.
Lo dicho, si no te vale, lo siento. Pero es que nunca me ha pasado tal cosa.