Linux - Obtener un manejador de ventana

Hola a todos,
Estoy haciendo una aplicación de ventana con gtk que tiene que controlar el estado de otras ventanas (visible, oculta, ...). Para ello necesito que esta aplicación pueda tener conociemiento de los manejadores de ventana de las otras aplicaciones ¿Alguien sabe como obtenerlos? Se a ciencia cierta que con windows sí que se puede hacer, pero con sistemas unix/linux no encuentro la forma.

Gracias de antemano