Linux - DUDA Plataforma para proyecto

Hola

Necesito algun consejo, comentario tips para llevar a cabo una aplicacion

(Mi reto actual es hacer una aplicacion para una empesa de venta de mercancia)
Estoy pensando con cuidado mi decision
Me he planteado 2 alterntivas

1
utilizar todo microsoft que es lo que en este momento estoy trabajando
seria utilizar servidor microsoft.. .visual studio ..net para la aplicacion -sql server


la 2
seria utilizar linux java mysql
mis dudas son las siguientes:

[la primera es si linux por ejemplo debian y mysql son gratis en el sentido de que no tengo que pagar por utilizarlo. el lenguaje java estoy leyendo la licencia.. Alguien me comento que son libres pero no gratis entonces me surge esta duda. aunque en la webs leo que son free pero !que tanto es el free!]

[la segunda es que por ejemplo la base de datos mysql sea lo suficientemente fuerte en cuanto a capacidad y caracteristicas o debian o java]

[La tercera es por si acaso has tendio la siguiente experiencia y tienes algunos comentarios y consejos En el caso de implementar software gratis como debian mysql etc para la maquina principal o servidor que tanto se afecta o que tantos inconvenientes aparecen entre la maquina principal y las demas maquinas con windows para los usuarios normales]

Gracias por el tiempo y saludos