Linux - problema al arrancar programa al inicio

Hola, a ver si alguien me puede ayudar.

Preciso arrancar un programa al inicio del sistema y lo invoco desde el fichero rc.local. El caso es que no sé con qué privilegios se está ejecutando. Si abro una consola como root y lo ejecuto funciona bién. Si lo arranco desde el inicio me dá algunos problemas (debe ser por falta de privilegios). ¿Puedo indicar que se arranque desde el inicio como root? ¿Alguien tiene alguna idea?

Muchas gracias por anticipado.

Mmm..un poco confuso lo q dices, q version de linux tienes?,... necesitas configurar el LILO o GRUB no se cual tengas instalado o inicia normal y cambiate a root lugo dale privilegios al archivo
chmod u+x archivo

u = usuario, pero puede ser: g = grupo, a= todos
x=ejecucion, pero puede ser r =lectura, w=escritura

Espero que te sirva
SALUDOS