Como te ha comentado Nostromo las principales diferencias son:
- Fedora lo realizan entre los ingenieros de Red Hat y la comunidad, mientras Debian sólo lo realizan la comunidad.
- Los paquetes (programas) en Fedora son rpm como en Suse y Mardriva, mientrras que el formato de Debian es el deb.
- Debian soporta 11 arquitectura (incluso creo que ahora 13) que son más que Fedora.
- El instalador gráfico de Fedora es Anaconda, el mismo que utiliza Red Hat, mientras que Debian tiene su propio instalador.
- Fedora utiliza Gnome como escritorio por defecto, y Debian no se centra especialmente en uno.
- Debian se utiliza mucho en servidores, aunque mucha gente también lo utiliza para escritorios. Hay que ser un usuario más avanzado para poderlo instalar bien y sacarle su máximo rendimiento. La instalación de Fedora es más sencilla.
http://es.wikipedia.org/wiki/Debian
Si quieres instalarte un Debian sencillo prueba con Ubuntu (si te gusta Gnome) y KUbuntu si te gusta Kde. Ubuntu es una distribución basada en Debian, que está soportada por una empresa (Canonical), la cual simplemente se limita a coger el trabajo de los programadores de Debian, y después hacer una distribución a su medida, más sencilla de instalar y adaptada principalmente a escritorio, aunque ahora ya comienza a ser un alternativa seria para servidor también.
Lo mejor es que pruebes las dos y decidas cual se adapta mejor a tus necesidades.
Un saludo
Gerardo