Creo que te puedo ayudar!!!!!
Hola Marco!!!
Creo que dentro de las personas que aun estan insegura por el uso del linux y que despues desean migrar al "Antipatico Windows", siempre se dan contra un palo con el vendito formato de la particion que lleva el Linux.
Lo recomendable es que te busques un disco de arranque de la version de windows 98 donde ahi tenes el fdisk y que te permite trabajar con discos grandes en el caso que tu disco lo sea.
Bueno siempre en Linux, te crean dos particiones
Swap Linux - Linux Nativa.
Con Swap Linux es una particion LOGICA EXTENDIDA, osea que tendras que eliminar desde el fdisk buscar la opcion de eliminar LOGICA EXTENDIDA.
luego eliminar la particion de Linux NAtive, que parece raro que tengas problema con ese ya que la mayoria de las veces va como particion primaria.
Fijate, puede funcionar bastante bien.
Saludos!!!!!!!