Hola:
La "librería" conio.h , contiene principalmente prototipos de funciones como getche() y getch() y por lo tanto es necesaria incluirla para poder utilizar estas funciones. CONIO significa CONSOLE INPUT OUTPUT
Saludos
stdio es standard input/output. Contiene funciones de entrada salida muy genericas válidas te diría para cualquier dispositivo de entrada/salida.
conio es console input/output. Amplia a la anterior, suponiendo que el sitio por el que van a entrar y salir cosas es una pantalla. Añade por tanto funciones tipicas para pantalla y que no tendrian sentido, por ejemplo en un fichero. gotoxy() es un buen ejemplo, ya que lleva el cursor a una posición determianda de pantalla.