Python - Ayuda doble abecedario

Hola, tengo que adaptar esta funcion para poder decifrar una frase, pero me pide que La primera letra l, se convierte en L (del alfabeto1); a, se convierte en H( del alfabeto2); b,
se convierte en R( del alfabeto 1); a, se convierte en H ( del alfabeto2), y así se van
alternando. Pero no se bien como ir alternando entre listas para lograrlo, les dejo el ultimo codigo.


lookup_table = {'A' : 'F', 'B' : 'R', 'C' : 'J', 'D' : 'O', 'E' : 'Y',
'F' : 'D', 'G' : 'I', 'H' : 'Q', 'I' : 'T', 'J' : 'Z',
'K' : 'S', 'L' : 'L', 'M' : 'M', 'N' : 'E', 'O' : 'U',
'P' : 'N', 'Q' : 'B', 'R' : 'K', 'S' : 'W', 'T' : 'A',
'U' : 'H', 'V' : 'P', 'W' : 'C', 'X' : 'X', 'Y' : 'G', 'Z' : 'V'}

lookup_table = {'A' : 'H', 'B' : 'T', 'C' : 'R', 'D' : 'V', 'E' : 'Z',
'F' : 'D', 'G' : 'I', 'H' : 'Q', 'I' : 'J', 'J' : 'Y',
'K' : 'P', 'L' : 'E', 'M' : 'L', 'N' : 'M', 'O' : 'U',
'P' : 'B', 'Q' : 'N', 'R' : 'K', 'S' : 'A', 'A' : 'W',
'U' : 'F', 'V' : 'S', 'W' : 'X', 'X' : 'C', 'Y' : 'G', 'Z' : 'O'}

def atbash(message):
cadena="".join(message.split())
cipher = ''
if cadena.isalpha():
for letter in message.upper():
if letter != ' ':
cipher += lookup_table[letter]
else:
cipher += ' '
else:
list_of_key = list(lookup_table.keys())
list_of_value = list(lookup_table.values())
texto = "00".join("1415431511323443 3111 351155".split())
sep = []
for i in range(0,len(texto),2):
sep.append(texto[i:i+2])
for x in sep:
if x != "00":
position = list_of_value.index(x)
cipher+= "".join(list_of_key[position])
else:
cipher+= " "
return cipher

def main():
message1 = 'deseamos la paz'
message2 = '1415431511323443 3111 35115555'
print(atbash(message1))
print(atbash(message2))

if __name__ == '__main__':
main()

¿y con ese código lo pensás solucionar? hay partes que no se acercan ni por casualidad a la solución, más allá de que no tienen nada que ver con el planteo, esforzate un poco y adaptalo a lo que se busca, aunque no funcione.