Python - Como Automatizar navegación web

Un saludo a todos. Quiero hacer un script que me permita hacer un alineamiento en linea de un análisis metagenómico en la base de datos SILVA mediante su herramienta en linea ACT i un archivo fasta que se ha de cargar en su pagina web mediante select file, buscar en la carpeta y cargar. Finalmente se requiere descargar los resultados obtenidos. Todo se basaria en clics y navegar. Uso el lenguaje Python por lo que pensé en utilizar un controlador como selenium, keyboard pero me resulta muy poco satisfactorio, debido a que me gustaría que se ejecutara sin la necesidad de ver las acciones de abrir el navegador, seleccionar el archivo, parámetros del alineamiento... Podríais aconsejarme alguna dirección a seguir de como poder ejecutar esas acciones en un plano secundario para poder seguir trabajando con el ordenador o simplemente no verlas? Con alguna otra librería de python o mediante código cmd y la navegación con el código html o algo similar se podría? Gracias

¿Alguna idea de como poder cargar un archivo en segundo plano en una página web? Si se hiciera manualmente se abriría al presionar select file una ventana de windows, se buscaría el archivo y se seleccionaría. ¿Hay alguna librería que permita hacer eso en segundo plano?