Hola
En realidad no me a tocado realizar un trabajo parecido.. sin embargo, si estas trabajando con Java o .NET... te puedo decir que en ambos casos el servicio web es una clase... y por otra parte, del lado del cliente se crea una clase proxy que encapsula toda lo relativo a la conexión con el servicio (es decir.. otra clase) por lo que para mi... el modelado lo puedes hacer sin ningun problema obviando el hecho de que es un servicio, ya que al final, estas trabajando con clases
SAludos