Pues tendrías que instalarlo ;). Si nunca has usado uno, te recomiendo alguna versión "blandita" como la Mandrake 9.0. Tendrás que hacer particiones ya que el fs no es compatible con FAT (aunque si quieres puedes buscar algunas distribuciones que se instalan sobre Windows - como Path Linux-).
Si decides hacer particiones, no te preocupes por el arranque ya que el gestor de Linux (LILO o GRUB) te permitirá arrancar tanto Linux como Windows, DOS...