HOla,
Bueno, simplemente puedes hacer una cosa. Arranca con Windows 2000. Como windows 2000 tomara el control del equipo, puedes eliminar windows 98 "a lo bestia". Es decir.
Ahora viene lo bueno...
Todo el sistema de Windows 2000 se guarda en una carpeta que se llama WINNT, en cambio el de windows 95/98/ME se guarda en una carpeta que se llama Windows.
Como la carpeta Windows no esta en uso, ya que hemos arrancado con el 2000, puedes eliminarla sin problemas.
Luego para quitar las opciones de arranque cuando te sale "Windows 2000, o Windows 98", puedes hacer dos cosas. O bien ir a las propiedades del sistema y en la opcion "inicio y recuperación" eliminar la opcion "Windows 98" del menu que te sale. O bien, edita el archivo "boot.ini" que cuelga de la raiz "c:\", y eliminar la opcion que pone windows 98.
Venga un saludo y si tienes alguna duda no dudes en escribirme al e-mail.
David Pato Alejo.