ASP.NET - Problemas Instalacion con App_Code

Buenas tengo una aplicación creada en asp.net, al momento de implementarla genero mi instalador, siguiendo estos pasos http://xurl.es/qd2eq . La aplicacion siempre me funciono bien desde el Visual Studio 2008, al momento que instalo mi aplicación se desaparecen todos los archivos con extencion de ".vb" y tambien se desaparece mi carpeta "App_Code". Cuando llamo mi aplicacion desde http://localhost/Aplicacion/login.aspx me da un problema en global.asax por que este llama una funcion en una clase que estaba contenida en App_Code, es decir lo que estaba en App_Code no me lo quiere reconocer. De antemano gracias. Saludos ...