Computación - Problemas con el W2000

Hola, tengo un problema, el cual espero me puedan ayudar.
el caso es que tengo en mi computadora 2 discos duros, en uno esta instalado el W98 y en el otro el W2000, el problema consiste en que cuando entro al W2000 y ejecuto algunas aplicaciones se pone un menssaje de error, ejemplo, cuando estoy trbajando con el IExplorer me manda un cuadro que dice: "IExplorer a comentido un error y sera cerrado por qindows, reinicie el programa para continuar" y un boton que dice cancelar, pero dicho boton no hace nada por que la aplicacion de todas maneras se cierra, esto me ha pasado con el office y el VBasic, pero el problema no termina ahi, por que cuando entro al W98 pasa algo similar con el internet explor, me manda mensajes de error y esas cosas, alguien sabe que es lo que puede estar pasando???
He llegado a pensar que es un virus pero no he encontrado informacion de uno que haga lo que le esta pasando a mi maquina, de antemano gracias por la ayuda que me puedan brindar...

Atte the

No tengo muchos conocimientos al respecto pero se me ocurre algo......
puede ser que el acceso a internet este configurado de diferentes maneras en los 2 discos duros, por lo que puede hacer alguna diferencia...

Porque no pruebas resintalando los programas que te causan el error o el w98 y wel w2000 muchas veces reinstalando los SO o los programas se corrigen algunos errores.

Roberto