Saludos Felipe
Estuve viendo un poco la clase Scanner sin mucha profundidad. Nunca la habia usado, asi que lei rapidamente la documentacion. Te recomiendo que hagas lo mismo. Pon en google "java Scanner" y los primeros enlaces te llevaran directamente especificacion de la clase. Intenta familiarizarte con esto, pues te sera mucho mas facil aprender.
Sinceramente, no entendi de buenas a primeras el funcionamiento de Scanner, pues estaba acostumbrado a otro estilo de ingreso de datos (mas arcaico por lo demas). Segun lo leido en tu pregunta, entiendo que necesitas un estilo de ingreso de datos de varios lineas, mas o menos asi:
> 1 2 3 4
> 6 7 8 9
La clase Scanner posee varios metodos que pueden interpretar inmediatamente los valores que se esten leyendo. Por ejemplo, si deseas leer solo numeros enteros, es recomendable que utilices hasNextInt() y nextInt(). De esta manera, cuando ingreses caracteres que no se pueden leer como numeros, el scanner simplemente dejara de leer. Prueba el siguiente codigo:
public class Santaclause {
public static void main(String[] args) throws Exception {
Scanner in = new Scanner(System.in);
while ( in.hasNextInt() ) {
int entero = in.nextInt();
System.out.println("Su dato fue : " + entero);
}
}
}
Te leera numeros enteros hasta que ingreses caracteres no numericos y el programa terminara su ejecucion. Espero te oriente. Suerte.