Java - Generacion de JAR

Hola gente, estoy teniendo un problema, en realidad lo solucione pero me gustaria si existiese una mejor solución hacerlo de otra manera.
El tema es así, generé un jar ejecutable con Eclipse "prueba.jar". En este jar incluye todos los jar que tenia como referencia. Se generó además el MANIFEST con el agregado de todos los jar y el MAIN class.

Luego generé un .bat con el comando:
java -jar prueba.jar

Hasta acá todo bien, lo ejecuta perfectamente. Pero en un momento de la ejecución yo estoy utilizando una librería que esta incluida en el proyecto como .class que los agregue desde Buil Path -> Add Class Folder. Tiene un problema esta librería que falla cuando están incluidas en el jar. No es que no encuentra las clases si no que falla en ejecución de un método de una clase.

La solución que hice para que ande es que estas clases estén fueras del jar. Todos los jar que hacían referencia en el jar prueba.jar también los saque hacia afuera, porque no funcionaba con esta nueva solución porque no encontraba las referencias. La solución es poner en el .bar lo siguiente:

java -cp "prueba.jar;lib/classes/*;lib/*" main.Main

En lib estan todos los jars y la carperta classes con todas las clases que les mencione anteriormente. Esto funciona perfecto, pero me gustaría de alguna manera evitar que estén todos los jar que antes tenia en prueba.jar tirados en una carpeta lib.
Se puede hacer que estén en un SOLO jar???

Muchas gracias!!!