En primera instancia veo que pide el paquete o la carpeta dentro del proyecto. ya Luego funcionó sin mayor problema
>>> Cambia el nombre del Package cuando lo descarges <<<
En cuanto al funcionamiento, la intención es pedir y Validar Nombre de Usuario y luego la contraseña y finalizar.
* podrías crear un constructor vacio para Usuario así lo defines en tu main como
Usuario usuario1 = new Usuario(); // tu le envias (null,null) que viene siendo lo mismo.
* Los metodos que tienes (comprobar letras,numeros, longitud,etc) podrías haberlos definido en tu clase Usuario y llamarlos desde tu main o por el contrario todos ser controlados por el Usuario y el main solo llamaría un metodo ingresarDatos(). < por ejemplo >
* de esta manera no le pasas como parametro un objeto de tipo Usuario ya que son funciones propias.
* Defines un Scanner el cual le pasas como parámetro a todos los metodos, aunque podrías definir un nuevo scanner en cada funcion.
* Las funciones de validar numeros y letras no estaban siendo utilizados
Por ultimo en tu ComprobarCaracteres ()... deberías de colocar un break; cuando el usuario ingrese una contraseña valida, de lo correcto seguirá recorriendo el CaracteresEspeciales.length; aun cuando ingresas una contraseña valida. Sin mencionar que al validar que únicamente valida eso caracteres especiales. si ingreso un "@" da por terminado.
Reacomode solo un poco tu codigo. Los cambios no fueron tan significativos.