Java - non-project file

Soy estudiante y estoy iniciándome en programación y me sale un warning que dice ".java is a non-project file, only syntax errors are reported", me sale el nombre en naranja en el workspace y no sé porqué se me destacan las "P"s. He probado de hacer el Java: Clean language server workspace pero no me está fucionando. Si alguien me pudiera ayudar estaría muy agradecida, gracias de antemano.