Respecto al eclipse has lo siguiente para compilar y ejecutar:
1. file-new-project (creas una carpeta para tus proyectos le pones un nombre y luego solo next...)
2. file-new-class(en este le colocas el nombre de tu clase o programa, si vas a utilizar POO, el nombre del constructor, debe ser el mismo que pusiste como new-class, y no debes cambiar para nada este nombre en el principio, o no se compilara)
3.Escribe tu codigo
4.run as-application(si es una aplicacion) o run as-applet(si es un applet)
Al hacer esto Eclipse, compilara y ejecutara tu codigo, si quieres cambiar a otro proyecto(nuevo progra o abrir uno existenet), debes volver a hacer lo mismo.
Basicamente es eso