Tienes que crearte un TableCellRenderer:
class miTableCellRenderer implements TableCellRenderer {
getTableCellRendererComponent(JTable table, Object value, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column){
/* Aqui tu código */
}
Puedes hacer que este método devuelva un JLabel de manera que si por ejemplo quieres que las filas pares salgan azules metes el siguiente código en getTableCellRenderComponent :
JLabel miLabel = new JLabel(value.toString());
if(row%2 == 0}{
miLabel.setOpaque(true);
miLabel.setBackBround(Color.BLUE);
}
return miLabel;
Después sólo tienes que añadir el renderizador a la tabla:
jTable = new JTable();
jTable.setModel(new miTableModel());
try {
jTable.setDefaultRenderer(Class.forName("javax.swing.JLabel"), new miRenderer()); // Suponiendo que la clase de tus columnas sea JLabel
}catch (ClassNotFoundException e) {
// TODO Auto-generated catch block
e.printStackTrace();
}