Java - Actualizar una BD

Hola, he hecho un programa en Java que conecta con una base de datos. uno de los metodos que he implementado cpnsiste en descargar un .sql de un ftp y actualizar la BD. el codigo para descargarlo ya lo tengo pero ahora me falta el codigo para actualizar la base de datos. en windows seria un .bat que contendria algo como

cmd /c mysql -uroot --password=admin prueba < c:\\database.sql

pero al ser un servicor linux esto ya no vale.
¿me podeis ayudar?
¿como puedo hacer para ejecutar ese metodo una vez a la semana para que se actualice la BD?

gracias