Hola:
Hace tiempo que no trabajo con netbeans, te lo digo de memoria a ver si no me falla....
En el fichero con tu main haz click con el botón derecho del ratón para sacar el menú y pincha en "propiedades". Ahi hay cosas como "external execution" o algo así y pinchando ahi, entre los campos para rellenar, hay uno para poner los parámetros que pasas en la línea de comandos.
Si quieres arrancar con debugger, tienes que rellenar lo mismo pero en la pestaña/campo adecuado, pero no en "external execution" sino en "noseque debugger".
Se bueno.
