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Claro que se pueden crear ejecutables con Java. Pero los ejecutables propios de java no son .EXE porque entonces solo servirian en windows, o .BIN porque solo servirian en Linux (aunque si se pueden crear). Los ejecutables propios de java son .JAR (Java Archive) que se pueden ejecutar en cualquier sistema operativo.
En los manuales de LaWebDelProgramador puedes encontrar como se crean los .JAR, tambien puedes buscar en Google y listo.