En estos enlaces te mando detalles sobre el uso de BuferedReader
http://www.dcc.uchile.cl/~lmateu/Java/Transparencias/.arch/all.htm
http://www.programacion.com/java/tutorial/red/30/
http://www.programacion.com/java/tutorial/new2java4/3/
Y aqui detalles de las clases FileReader y FileWriter
http://www.lab.dit.upm.es/~lprg/material/apuntes/io/readers_writers.htm
http://www.programacion.com/java/tutorial/io/4/
http://www3.uji.es/~vcholvi/teaching/java/cap.09.1/Cap.09.1.html
Ahora lo que deberias hacer es definir el formato de tu archivo de entrada, si tienes dos numeros uno en cada linea (que es lo mas recomendable), leerlos del archivo, castearlos, sumarlos y escribirlos en el otro archivo. Espero esto te ayude
Juan
