Java - Tamaño ventanas

Hola, ante todo avisar que soy nuevo en esto de Java por lo que estoy un poco pez en muchos apectos del mismo.

Uso Netbeans y estoy haciendo un programa sencillo que almacene bases de datos creadas por el usuario y que permita hacer preguntas y que chequee si las respuestas son correctas.

Lo quiero hacer con una ventana principal (JFrame) en la que he puesto un JMenuBar y varios JDesktopPane.

Quisiera poder tener un JDesklopPane visible y los otros ocultos (me funciona con setVisible) pero tengo problemas dentro de cada JDesktopPane a la hora de que los componentes se me visualicen bien.
Como quiero que, sea cual sea la resolución existente, se vean bien, he usado una de las múltiples posibilidades de Java, importando java.awt.Toolkit y creando estas líneas:
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alto = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize().height;
ancho = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize().width;
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que me permiten adaptar la pantalla a la resolución de cada ordenador.

Después, sólo tendría (en teoría, ya que no me funciona) que poner los tamaños de cada componente en relación a "alto" y "ancho" como este código:
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Panel_Ejercicios.setSize(ancho,alto);
PanelEjerciciosGeneral.setSize(ancho,alto);
PanelPregunta.setSize(ancho,(alto/3));
ScrollPregunta.setSize(ancho,(alto/3)-20);
TextoPregunta.setSize(ancho,(alto/3)-20);
PanelRespuesta.setSize(ancho,(alto/3));
ScrollRespuesta.setSize(ancho-100,(alto/3)-20);
TextoRespuesta.setSize(ancho,(alto/3)-20);
PanelAyuda.setSize(ancho,(alto/3)-100);
ScrollAyuda.setSize(ancho-120,(alto/3)-20);
TextoAyuda.setSize(ancho-120,(alto/3)-20);
PanelBotonesEjercicios.setSize(ancho,50);
Panel_Ejercicios.setVisible(true);
PanelEjerciciosGeneral.setVisible(true);
PanelPregunta.setVisible(true);
ScrollPregunta.setVisible(true);
TextoPregunta.setVisible(true);
PanelRespuesta.setVisible(true);
PanelAyuda.setVisible(true);
PanelBotonesEjercicios.setVisible(true);
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El problema es que no funciona bien y no me modifica adecuadamente el tamaño de cada componente.
¿Tal vez me falta algo más?
He agrupado los componentes en bloques (usando Jpanel ) y , dentro de cada bloque, con Flowlayout (o Boxlayout, según me interese).

Agradecería cualquier tipo de idea ya que estoy perdiendo más tiempo en la implementación gráfica que en el programa propiamente dicho.

Gracias anticipadas.

Carlos

Creo que el problema es el layout que estas usando. Chequea en el API del JDK cuales son las restricciones para cada layout