Hola:
El codigo del ejb lo puedes hacer como quieras, incluso con el notepad o el vi. Luego lo compilas sin problemas desde una ventana de ms-dos
Preparar el fichero war (o similar) para que el servidor j2ee encuentre el ejb y demás puede ser muy complejo, pero también podría hacerse a mano. En realidad no debe ser deamasiado complejo, puesto que basicamente consiste en hacer unos ficheros xml con un editor y poner cada cosa en su sitio, pero como todos los manuales de j2ee se empeñan en decirte que esto se hace usando una aplicación especial que lo hace, al final nadie te dice realmente qué es lo que hay que hacer.
Finalmente, para ejecutar el ejb, sí que necesitas que este corriendo el servidor de j2ee, ya que es él el que lo instancia y lo pone en marcha. Debes hacerte también un programa o pagina web cliente de ese servidor j2ee que haga la llamada correspondiente para arrancar el ejb.
Se bueno.