Jupiter:
Con el tomcat que viene en formato zip, lo único que tienes que hacer es descomprimirlo digamos (por ejemplo) en C:\programas\tomcat5.5.23
Y nada más por ese lado.
Ahora bien, cuando vayas a crear un nuevo proyecto web en eclipse (un "Dynamic Web Project"), el mismo asistente de eclipse te va a pedir un "Target Runtime", en principio, un combo vacío, pero apretando "new" puedes indicarle a eclipse donde está instalado tu tomcat "C:\programas\tomcat5.5.23"
Una vez que lo hayas seleccionado, eclipse se encargará de correrlo autormáticamente cuando hagas un "Run->Run on Server"
Saludos
Pablo