RE:Seguimiento en Eclipse
Hola! Creo que necesitas el depurador. Mira, en eclipse en la parte de arriba a la derecha te pone las diferentes vistas, normalmente estarás en la vista "Java" Ahí tiene qu ehaber otra quep onga "Debug" (si no la hay muestrala desde el menú ver o tools).
En esa otra vista sigues teniendo todos tus paquetes y tus clases, si eliges una y en la linea que te interese haces doble click (o en varias) ese será el punto de interrupción. Después para ejecutarlo dale al icono q tiene el símbolo del Debug en vez de al Play con el q se ejecuta normalente (creo q tienes q volver a definir cuá es el main y eso). En el momento q llegues a un punto de los q señalaste el programa se para para q lo veas paso por paso....
Suerte! Si tienes alguna duda seguro q en la ayuda de eclipse te lo van a explicar mucho mejor