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Como mínimo, lo mismo que se hace en todos los DBMS: Conocer y saber implementarlo. Date una vuelta por algunas web que hablen del tema (http://www.hospedajeydominios.com/mambo/documentacion-manual_php-pagina-security_database.html) y fíjate qué dice el manual oficial, no los tutoriales (http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/security.html)