MySQL - Problemas con espacio (ibdata1)

Buen día.
Se me está presentando un problema en la base de datos por un par de tablas que utilizan InnoDB.
Precisamente por esto, deseo ejecutar el primer procedimiento de acá:
http://blog.openalfa.com/como-reducir-el-tamano-del-fichero-ibdata1-en-mysql/

para pasar todo a MyISAM.

El problema es que en plena ejecución el preciso archivo ibdata1 sigue creciendo hasta el punto que me llena la partición y me tumba el servicio.


Intenté también siguiendo este link:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/adding-and-removing.html

agregar un segundo archivo idbata en otra partición con suficiente espacio y a pesar que sí crea este segundo archivo, no llega a utilizarlo sino que sigue llenando el disco haciendo crecer el archivo ibdata1 original.

¿Cómo puedo hacer para que funcione?

Hola John, yo hace tiempo tuve el mismo problema, y estos son los pasos que hice para solucionarlo:

1.- Realice una copia hasta una fecha dada, de la base de datos a otro servidor mysql que estaba en otro ordenador.
2.- En el segundo ordenador hice el traspaso de innoDB a MyISAM.
3.- En el servidor inicial, elimine todos los registros de la tabla innoDB que habia traspasado al segundo ordenador.
4.- Modifique el archivo de configuración my.cnf para indicar la ubicación de los archivos MyISAM en la segunda partición
5.- Realice el traspaso de innoDB a MySQL. El traspaso fue rápido y limpio, ya que había muy pocos registros.
6.- Añadi los registros del segundo servidor mysql al primer servidor mysql que ya estaba con las tablas en MyISAM.

Espero que te sirva... coméntanos, ok?