PHP - Donde guardo los archivos

Hola a todos.

Estoy diseñando una bibloteca virtual, donde los libros estan digitalizados algunos en word, otros en txt y otros en html o pdf. Pero no puedo decidir donde deben guardarse estos arcivos: en la carpeta del servidor o dentro la base de datos, cual sería lo recomendable. donde coloco estos arcivos?.
En que me baso para decidir donde guardalos.

Debo hacer busquedas en base a palabras o frases que estan en uno o varios libros, por so me animo a guardar en la base de datos, pero veo que la base de datos será muy grande y pesado, pero si lo guardo solo en carpetas no podré hacer las búsquedas.

Espero su ayuda, gracias

Depende del tipo de búsqueda que quieras hacer.
Si es de tipo temática, pues pon un campo en la base de datos suficientemente grande para guardar palabras clave que describan los temas tratados en cada libro y pon los textos en sí fuera de la base de datos.
Pero si la búsqueda es tipo tesauro me temo que ni siquiera el tipo de base de datos que estás usando te servirá (relacional), pues las búsquedas tipo tesauro requieren de base de datos jerárquicas, algo que MySQL no es.