PHP - Funcion SUBSTR

Hola necesito ayuda
tengo dos tablas que necesito comparar para traer data de una de ellas ambas se relacionan por un campo referencia es decir Tabla1( cod, nomb, desc), Tabla2 (Nro, Tipo, ref, fecha) de la tabla 2 necesito traerme la fecha pero ambas se relacionan con el campo ref el inconveniente es que en el ref los ultimos digitos son los que coinciden con el cod de la tabla 1 que es numerico algo como esto:
Tabla1( 54, pepe,empleado)
Tabla2 (001,25, Dpto54,2009-08-05)
entonces necesito una funcion como el substring pero que me traiga solo los valores numericos???
tengo esta consulta

$sql = "SELECT RIGHT(ref,4)
FROM `tabla2`
WHERE `tipo` = 25
AND `ref` LIKE CONVERT(_utf8 '%Dpto%' USING latin1)
COLLATE latin1_swedish_ci";
$result=DB_query($sql,$db);
$rw=DB_fetch_array($result);
$referencia= $rw['ref'];

el problema esta en que hay veces que tiene 2 numeros 3 o cuatro si lo coloco como esta consulta me trae:

ref= to54

y necesito solo los numeros si siempre fuesen dos digitos seria como lo estoy haciendo pero ese no es el caso alguien conoce como hacerlo???

¿Por qué tan complicado?, ¿no era mejor agregar un campo más en la tabla2 que contenga el índice de la tabla1?. Como sea, creo que lo puedes solucionar con expresiones regulares, no tengo cómo probar tu problema pero creo que sería algo así

SELECT (ref REGEX '[0-9]+$') FROM Tabla2 bla, bla, bla...

La expresión regular dice "tomar uno o más dígitos que estén al final de la cadena".