PHP - html5 a wordpress problemas en plugins

Hola

Ojala pudiesen ayudarme

soy medio novato en lo que refiere a html5 y wordpress pero siguiendo un tutorial crea tu propio theme logre hacer primero una pagina web fluida con dreamweaver primero ella creo 3 archivos

boilerplate.css
respond.min.js
index.php
miestilo.css

ahora bien instale un menu desplegable responsive que funciona bastante bien, veo que html5 se debe instalar los js antes de cerrar footer no como anteriormente que se ponian en head, solo si respond.min.js se mantiene antes del cierre de head.

ahora bien esta pagina la lleve a wordpress, sacando los js llevandolos al footer.php (estoy bien), incluso el respond.min.js con este codido cada una de ellas incluso los js del menu responsive

<script type="text/javascript" src="<?php bloginfo('template_url')?>/js/respond.min.js"></script>

todas las js en una carpeta js en wp-content/theme/js

los css en wp-content/theme/css

en el header.php puse

<?php wp_head(); ?>

para poder instalar plugins y widget antes del cierre de head

he aqui los problemas

instale para podr tener un banner slider con cyclone-slider 2 tambien easing slider uno solo a la vez
instale para widget para ver videos youtube en el sidebar no se ve

el sidebar en el caso de cyclone slider se pega y el menu responsive tambien se pega

con easing-slider no se pega pero el menu responsive pierde su cualidad de desplegable osea solo se ven los primero item de la barra horizontal (menu horizontal desplegable), antes de llevarlo a wordpress cuando lo tenia solo en html lo implemente y funcionaba perfecto, tenia banner slider (nivo slider) pero lo implemente via codigo no como plugins y funcionaba en wordpres (nivo slider pasa lo mismo no deja desplagarse en menu).

estoy en un mar de dudas de que sera lo que esta entorpeciendo de porque no funciona bien mi pagina al parecer no me esta permitiendo que funcione bien mis plugins y widget

Si te lees la documentación de HTML5 http://www.w3.org/html/wg/drafts/html/master/scripting-1.html#scripting-1 y en concreto el apartado de scripting, que es el que te he pasado, verás que en pone:

Contexts in which this element can be used:

Where metadata content is expected.
Where phrasing content is expected.
Where script-supporting elements are expected.

Donde mejor que mires que significa cada parte para que sepas donde meter las etiquetas scritpt.

Por el resto lo siento, pero no tengo ni idea de wordpress.